수확, 운송 과정에서 떨어지거나 충돌과 마모 등 기계적 손상으로 인한 일부 손상과일의 경우 장시간 방치로 2차 미생물 감염이 발생했다면 일반적으로 손상된 부위를 제거한 후 먹을 수 있다.
하지만 일부는 미생물감염에 의해 발생하는데 례를 들어 곰팡이가 낀 과일은 섭취하지 않는 것이 좋다. 보조도구의 도움 없이는 아직 곰팡이가 피지 않은 다른 부위의 영향을 육안으로 판단하기 어렵기 때문이다. 또한 곰팡이가 핀 후에는 일반적으로 알터나리아독소, 례를 들어 알터나리아독소, 파툴린 등과 같은 일부 진균독소가 생성되는데 이런 것은 건강에 좋지 않다.
따라서 과일에 곰팡이가 생기면 과감하게 버리는 것이 가장 좋은 선택이다.
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