저온요구르트는 먼저 우유를 저온에서 살균한 다음 활성 유산균을 첨가하여 발효시킨 것이고 발효루 살균하지 않으면 유산균은 생존할 수 있다. 상온에 두면 계속 발효되여 요구르트의 풍미를 파괴하므로 랭장보관해야 한다.
상온요구르트는 발효가 완료된 후 저온살균 열처리를 추가하는데 이런 처리방식은 유산균을 비활성화할 뿐만 아니라 요구르트의 다른 세균도 죽이고 세균번식으로 인한 요구르트의 변질위험을 크게 줄여 제품의 류통기한을 크게 연장할 수 있다.
저온요구르트와 상온요구르트의 경우 우열을 가릴 필요가 없다. 우유공급원이 통과되고 품질관리가 합격되는한 이들은 모두 단백질과 칼시움을 보충할 수 있는 좋은 제품이다. 만약 요구르트를 마시는 것이 유산균의 작은 이점을 얻기 위한 것이라면 저온의 활성화 유산균이 함유된 요구르트를 선택하는 것이 좋다. 로인, 어린이, 위장기능이 약하고 추위를 타는 군체 혹은 보관조건이 없는 사람은 상온요구르트를 선택해야 한다.
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