건강기능식품(保健品)과 약품은 안전성과 효과 면에서 동일시할 수 없다. 약품은 치료, 완화 또는 질병예방을 위해 설계되였으며 안전성과 효과는 엄격한 림상시험을 통해 검증되였다. 건강기능식품은 건강보조식품의 통속적인 설로서 우리 나라의 <건강보조식품 등록에 관한 관리방법>에서 건강보조식품은 ‘특정 건강보조기능을 가진 식품, 즉 특정인이 섭취하기에 적합하고 인체조절기능이 있으며 질병치료를 목적으로 하지 않는 식품’으로 정의된다.
건강기능식품과 약품 사이에는 명확한 구별이 있는데 현재 시장에는 많은 종류의 건강보조식품이 있는데 다양한 류형의 허위홍보, 개념 과대광고 및 소비함정과 같은 문제가 끝없이 등장하고 있다.
따라서 단순히 건강기능식품이 약품보다 안전하고 효과가 좋다고 볼 수 없으며 건강기능식품을 약품의 대용품으로 간주해서는 안된다. 건강기능식품 또는 약품의 선택사용은 개인의 건강상황, 수요 및 의사의 조언에 따라 결정해야 한다.
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